El Gobierno de España, en su esfuerzo por extender la implantación de la factura electrónica, ha sacado la aplicación eCoFirma para facilitar el firmado electrónico válido de todo tipo de documentos.
Tienes toda la información necesaria para utilizarla en la página web del Ministerio. El manual de la aplicación al que se enlaza desde esa página es muy descriptivo y completo para familiarizarse con la aplicación.
¿Y cuál es la diferencia respecto a otras propuestas como @Firma?